基于cox1基因对中国青藏高原地区细粒棘球绦虫遗传多态性的研究

doi:10.11843/j.issn.0366-6964.2015.03.015

摘要/Abstract

摘要：

通过对中国青藏高原地区细粒棘球绦虫的遗传多态性分析，了解该地区细粒棘球绦虫的遗传变异情况，为细粒棘球蚴病的防治提供基础材料。基于线粒体cox1基因全序列（1 609 bp）分析中国青藏高原地区47个细粒棘球绦虫分离株的序列变异情况，并结合NCBI数据库中已公布的中国青藏高原和中东地区所有细粒棘球绦虫cox1基因全长序列，对比分析两个种群的遗传多态性特征。结果显示，47个样品均被确定为G1 基因型，分为10个单倍型（C1~C10），其中优势单倍型C1与中东优势单倍型相同，且该单倍型呈世界性分布。中国青藏高原地区细粒棘球绦虫的单倍型多样性（Hd）与核苷酸多样性（π）较低，明显低于中东种群，两个地区Tajima’s D和Fu’s Fs检验值均为负值，遗传结构差异不显著。研究结果表明：中国青藏高原细粒棘球绦虫可能是由一个起源于中东的有效种群进入该地区后，经历了近期群体扩张或遗传瓶颈，在高原地区天然的地理隔离作用下，逐渐发展成了现在的种群。

Abstract:

The genetic variability of Echinococcus granulosus was investigated to uncover the genetic structure in the Tibet plateau，China.The complete mitochondrial cox1 genes about 1 609 bp from 47 isolates of E.granulosus collected from populations in the Tibet plateau were sequenced.Further sequences (retrieved from NCBI database) for the cox1 gene from the Tibet plateau and the Middle East were compared with the sequences analyzed in this study.The BLAST analysis of the sequences indicated 47 isolates belonged to G1 genetype (E.granulosus sensu stricto) and 10 haplotypes (C1-C10) were detected.The major haplotype C1 in the Tibet plateau showed a 100% homology with the reference haplotype in the Middle East and presented a worldwide distribution.The haplotype diversity (Hd) and nucleotide diversity (π) observed in the Tibet plateau were both lower than these in Middle East.The average negative values of Tajima's D and Fu’s Fs were negative in the two geographic populations and the populations were not genetically differentiated.These results suggest that E.granulosus in the Tibet plateau occurred demographic expansion or bottleneck effects after the introduction of founder haplotype in the Middle East.The population was developed under the geographical isolation.

中图分类号:

S852.734

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